Esta metiendo un tag de script por cada valor???
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Una solucion es simplemente meter todo en un array javascript usando la funcio implode de php.
Código Javascript
:
Ver originalvar lineas = ['<?php echo implode("','",$lineas)'];
var inputs = document.getElementsByTagName("input")
for(var i=0; i<lineas.length;i++){
inputs[i].value = lineas[i]
}