La verdad me parece interesante la pregunta, pero no te recomiendo el uso de <embed> para poner música (cosa que en ralidad tampoco recomendaría, pero supongamos que es necesario :P) porque no es muy confiable y ya está en desuso.
Probá este reproductor que es gratuito y parece estar bueno:
http://www.varal.org/media/niftyplayer/
Tiene la ventaja de que está integrado con JavaScript y uno lo puede controlar externamente.
Fijate en la página que en el demo hay unos links abajo que dicen: "play toggle (or play | pause ) stop ". Lo que podés hacer es incluir las funciones que lo controlan en funciones personalizadas que además de detener/pausar tu reproductor hagan con AJAX un manejo de sesiones para mantener el estado del reproductor en las páginas siguientes
:)
PD: Espero no sea muy complicado! Desconozco si hay forma más fácil.