Cita: ¿Qué motor de almacenamiento me conviene usar para un sistema que corre en una intranet, con mysql?
El que quieras. Con esa descripción no hay forma de aconsejarte nada. Cualquiera puede servir para eso.
Cita: Acualmente utilizo myisam y estoy teniendo algunos inconvenientes, de registros que extrañamente no se guardan. Es posible eso?
Sin ver lo que haces, cómo son las tablas y cómo creas las inserciones y con qué datos, es imposible saber qué causa una inserción fallida.
Como mínimo deberías estar capturando los errores devueltos por MySQL, para poder saber por dónde va la cosa.
Implementa la captura de errores y después vemos.
Cita: Tengo unas 14 tablas y la que más registros tiene posee unos 15 mil registros. Guardo movimientos contables, y registro facturación, desde un único equipo, localmente.
Eso sería una base pequeña, pequeña... como sacada de un TP de la facultad.
El tema del motor de tablas se define de acuerdo al diseño del sistema, de las restricciones que se deben poner y de cómo quieres administrar las relaciones.
Esencialmente:
- ¿Necesitas varias operaciones en un sólo bloque, como una sola y que si la última no se ejecuta se deshagan todas? Necesitas transacciones: InnDB.
- ¿Necesitas que no puedan ingresarse valores en una tabla que no existan en ora tabla de referencia? Necesitas foreign keys: InnoDB.
- ¿Vas a realizar búsquedas de términos en varias columnas, jerárquicamente? Necesitas indices FULLTEXT: MyISAM.
- ¿La base requiere rapidez porque vas a insertar más de lo que vas a leer?: MyISAM.
...y muchos otros considerandos.