Gracias, ya lo he conseguido, no sé si es del todo correcto pero funciona!
Código PHP:
Ver original<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function confirmar_resultado()
{
var r=confirm("¿ACEPTAS?");
var resultado="";
if (r==true)
{
resultado="si";
return resultado;
}
else
{
resultado="no";
return resultado;
}
}
</script>
</head>
<body>
<?php
$llamada="<script type='text/javascript'>document.write(confirmar_resultado());</script>";
$aux = $llamada;
echo $aux;
?>
</body>
</html>