Hola
guillebomtrasmiti, por lo que comentas, tienes una BD, con los mismos, entonces yo lo que haria seria crearme esa base con esa clave primaria, con lo cual ya no puede ser repetido, eso es una forma, otra forma seria obtener todos los numeros de factura de esa BD, te los pones en un ArrayList y compruebas si lo contiene ese introducido en tu textBox o comboBox.
Código:
ArrayList Numeros = new ArrayList();
// aqui lo rellenas con una consulta a tu bd con ese campo
if (Numeros.Contains(textBox1.Text))
{
textBox1.Text="";
// envias mensaje de que ya esta ese numero
}