Antes esto era todo un proceso, ahora el nombre del icono no tiene que ser necesariamente "favicon" pero por si las moscas, nunca he cambiado el nombre, este codigo no falla.
Código PHP:
<title>Bienvenidos a Tal</title><link rel="shortcut icon" href="favicon.ico" />
Tu icono se debe llamar favicon y lo pones despues del cierre de title.
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