Cita: Lo que pasa es que la empresa donde laboro quiere que se haga de forma automatica por si sola y que se respalde a traves de una unidad externa FTP.
No es problema, todo esto lo puedes hacer mediante scripts, la mayoría de los sistemas operativos tienen herramientas y/o comandos para realizar estas tareas y ejecutarlas en forma automática. Si estas en plataformas *nix busca información sobre shell como lenguaje y cron como programador de tareas, si estas en Windows busca sobre batch o powershell como lenguaje y el programador de tareas dentro del Panel de Control para ejecución.
Saludos