best practice para guardar datos internos

[Xerelo]

No acabo de entender tu duda, parece que quieres que el usuario pueda modificar los datos de configuración pero no en el propio archivo. Crea en tu aplicación un proceso para que el usuario pueda generar los ficheros de configuración, un properties o un xml,.

¿Qué te parece poco adecuado que el usuario si quiere pueda tocar los archivos desde un editor de texto? Pues guárdalo como archivo binario.

Todo esto suponiendo que no estés usando una base de datos, si no también podrías guardar la información en ella.

Personalmente prefiero poner la información no sensible y que pueda variar en properties o en una tabla de la BBDD, de esa forma si tengo que cambiar cosas me ahorro el recompilar clases.