La respuesta a tu pregunta seria muy extensa, pues deben valorarse distintos factores, pero tratare de ser concisa:
1. Cuando existe un conflicto entre signos distintivos identicos o semejantes, goza de prioridad aquel que se haya registrado en primer lugar. Por tanto, si la marca se registro antes que el dominio, goza de prioridad la marca, pero si tu denominacion social ( tu sociedad) se registro con anterioridad a la marca, esta denominacion social sera el derecho prioritario. Estos datos debes averiguarlos.
2. Partamos del supuesto de que el titular de la marca goza de un derecho prioritario, en tal caso habra que analizar si tu registro ( dominio) se hizo con buena o mala fe. Segun comentas tu dominio no ha sido utilizado, pero quizas cuentes con documentacion que acredite que tenias un proyecto en marcha, si es asi, podras demostrar tu buena fe.
3. Igualmente hay que analizar el grado de confusion que la identidad entre la marca y dominio generan en el consumidor, amen de la similitud que pueda existir entre los productos o servicios que ampara la marca y aquellos que tu pretendias comercializar.
En fin, no se si te he aclarado un poco tus dudas, pero te dejo un enlace a un articulo que espero pueda servirte de ayuda.
Conflicto entre marcas, dominios y denominaciones sociales.
http://convelia.com/conflicto-entre-marcas-dominios-y-denominaciones-
sociales-3
Saludos