te refieres a transformar por ejemplo wma, wav, mid, ogg, etc a MP3?
si es así lamentablemente depende de tus codecs, PHP funciona con ogg mas que otros formatos, pero lo que puedes hacer es correr un programa con PHP que transforme los archivos, por ejemplo con audio Comander que funciona en Shell (prompt (Simbolo del sistema (DOS)))
http://www.mystikmedia.com/audiocommander.asp
pero no es gratis, sin embargo usando algo así podrías cambiar los formatos en linea de comando y por lo tanto puedes enviar la instrucción desde PHP :)
lo mejor de todo es que puedes transformar todos los archivos de un formato especificado en mp3 usando *
convierte todos los wav a mp3