misma llave FK en otra tabla, ¿algún consejo?

[rqd]

la estructura no me parece mala, excepto que no acostumbro usar el mismo nombre para un campo en una tabla, (en tu caso relacion.relacion).

Para las consultas podrás usar alias para la tabla personas ejemplo:

SELECT relacion.idrelacion, relacion.idpersona1, p1.nombre, relacion.idpersona2, p2.nombre, relacion.relacion.
FROM relacion,personas p1, personas p2
WHERE relacion.idpersona1 = p1.idpersona
AND relacion.idpersona2 = p2.idpersona