Salio perfecto, tal como lo dijiste; solo tuve que utilizar el Zend_Pdf_Parser y el Zend_Pdf_ElementFactory... esto fue lo que realicé:
Código PHP:
$parser = new Zend_Pdf_Parser($pdf, Zend_Pdf_ElementFactory::createFactory(1), true);
if ( $parser->getTrailer()->Encrypt !== null )
{
return false;
}
Muchas gracias masterpuppet