Tal vez puedas usar
modernizr, que en esencia es una librería Javascript que te crea clases en tu etiqueta <html> dependiendo de si el navegador del cliente soporta o no determinados elementos...
Además, a los elementos nativos de HTML5, osea, header, nav, aside, footer, etc, debes darle un
display: block desde el CSS para que se acomoden un poco...
Saludos...