Hola, de hibernate no se mucho, pero he visto algo de jpa, y las relacioens entre las tablas me las hacia directamente a traves de las entity class pero claro las tablas lo creaba en mysql, asegurate que tienes el conector y aki te falta el puerto creo
<property name="url" value="jdbc:mysql:3306//localhost/Proyecto"/>
<property name="username" value="root"/>
<property name="password" value="root"/>
Saludos