¿Qué no puedes poner los acutes por la consulta?
Mmmmmm... expande tu mente, la consulta cuando la escribes en php no es más que texto e igual que puedes cambiar las tildes por los acutes en 2 líneas puedes hacer el paso inverso
Es raro que sin el meta el navegador te esté cogiendo la tilde bien al poner Álava. Me parece extraño, pero no uso todos los navegadores ni todas las versiones así que no me arriego por ahí.
No sé como estás guardando los datos y como es muy posible que sea por el tipo de dato de la BD lo más que te recomiendo es:
-Conviertes con los acutes las ciudades y haces el insert.
-En el select cambias la condición con la misma función, en vez de buscar álava que busque álava.
-Al mostrarlas en pantalla no necesitas hacer ninguna conversión porque html interpreta correctamente los acutes
Vamos que con 2-3 líneas cortas resuelves el problema y el usuario siempre verá todo de forma correcta, por detrás haces los cambios.