Cita: De donde puede provenir este problema?
En realidad puede venir de cualquier parte: Las tablas, los datos, las consultas, índices, el propio diseño, la forma de acceso de los usuarios, etc. No hay forma de darte una respuesta sin tener acceso completo a tu base y las consultas que se realiza, y hacer un análisis profundo.
Si quieres, empieza por postear el diagrama de la base, o el script de creación de la misma para poder analizar primero la estructura. Luego necesitaremos ver las consultas, para poder ver cuán eficientes son.
Luego veremos.