Actualizar .WAR Tomcat

[ElAthlit]

Buenas a todos,
me encuentro con el siguiente problema al que no sé encontrar solución:

Escenario:
Tomcat 6.0 con un proyecto llamado ejemplo.war corriendo OK.
Este proyecto que tengo corriendo, tengo archivos que los usuarios me suben y posteriormente se pueden descargar, con lo cual, estoy OBLIGADO a tener los archivos en la misma aplicación (y no fuera, como en C:/ por ejemplo).

Si modifico algún aspecto de la aplicacióndesde mi IDE, tengo que mover la carpeta de los archivos que me suben a otro sitio, eliminar la aplicacion, subir la mia de nuevo y VOLVER a copiar los archivos que me han subido de nuevo para dejarlos donde estaban. Un lio, vamos.

¿Hay alguna manera de actualizar por encima el proyecto .war?

Espero no haberme liado mucho con la explicación.

Muchas gracias a todos y un saludo.