Usa esta funcion de java script, con esta puedes determinar el tamaño de la ventana que quieres:
Código Javascript
:
Ver originalfunction popitup(url) {
newwindow=window.open(url,'name','height=200,width=150');
}
Para solucionar lo del fondo no llames al SWF, llama a un HTML que contenga al SWF y le asiganas un color al fondo.