Moonika,
No vas a poder "acoplar" un documento de 6 páginas porque físicamente es imposible. Una imposición de páginas—ya sea en formato PDF para que se mande imprimir o directamente en InDesign—solo se puede lograr correctamente con múltiplos de 4. Es por eso que cuando haces la impresión de folleto te salen páginas en blanco, pues InDesign trata de compensar tus 6 páginas añadiendo las dos que faltan.
Solo puedes publicar folletos de 4, 8, 12, 16, 20, 24 etc. páginas, siempre añadiendo 4 páginas a la vez para poder hacer una imposición correcta. Date una vuelta por este enlace de Adobe para que clarifiques un poco más el tema:
Imposición de un documento para la impresión de folleto
Espero que este comentario te ayude en tu problema.
Sergio
