Ya lo he solucionado.No era lo que me decías. Yo tenía archivos javascrpit diferentes en cada portlet (con nombre y funciones diferentes). Lo que ocurría era que sólo funcionaba uno de los dos( el del portlet que estuviera más abajo en el portal, es decir, el último que se carga). Para al otro portlet es como si no tuviera archivo javascript.
Lo he solucionado cargando los archivos de cada uno de ellos de la siguiente manera en el fichero de configuración Liferay-portal.xml
Código:
<footer-portlet-javascript>/js/simple.js</footer-portlet-javascript>
El caso es que he estado mirando y no entiendo la diferencia entre <footer-portlet-javascript> y <header-portlet-javascript> y porque me funciona al ponerlo en el footer.
¿Alguien puede explicarme la diferencia?