Que tipo de Upload usa, SWFUpload, Uploadify, Etc

[esdebon]

Flash solo recauda la información de un archivo, (normalmente solo la ruta en la que se encuentra en el equipo).

Toda la seguridad esta en el código que recibe y realmente hace el upload

Que tipo de servidor ocupas?.

A que te refieres con seguridad?

Lo más fácil es subir los archivos con PHP,

Lo más seguro es convertir en binario tu archivo, encriptarlo y subirlo como datos binarios a una base de datos, pero eso no lo hace flash, lo hace el código de lado del servidor (puede ser PHP, .Net, java).

La seguridad de tu archivo si sólo lo estas copiando al servidor, como lo hacen todos los script que mencionas es responsabilidad del servidor, aun que si los colocas en carpetas de uso público cualquiera puede tener acceso a ellos.