Active Directory, tiene más protocolos y no solo
LDAP.
La razón por lo que no has visto implementado servidores Linux, es por el miedo a la gente por el cambio, pero si te pones a investigar de países donde el gobierno a dicho NO a Micro$oft, te daras cuenta que solo utilizan Linux como servidores de dominio, DNS, etc.
¿Hacia donde va el futuro? Eso solo lo va a decir los años, pero las distribuciones Linux, van ganando mucho terreno, año con año.
¿Vale la pena certificarse con Micro$oft? Si vale la pena, porque gracias a Micro$oft, vas a encontrar mucha gente con problemas y por lo tanto, te van a tener que pagar.
Si tenes la oportunidad de aprender por tu cuenta o que te paguen cursos de Linux, te aseguro que vas a estar doblemente preparado y si aprendes a mantener redes mixtas (Windows/Linux/Mac/Unix) mucho mejor.