ArrayList y ObjectInputStream

[Ronruby]

No es un error, es una advertencia. Significa que puede dar problemas, pero no necesariamente es incorrecto.
Lo que pasa es que Java no tiene manera de REALMENTE saber que el objeto serializado es una lista, un set, un perro, etc ... Pero no es nada de que preocuparse, de hecho, puedes suprimir esa advertencia.
@SuppressWarnings(value = "unchecked")
Por esa linea encima del codigo que da la advertencia, en este caso:
empleados = (ArrayList<Empleado>)ficheroEntrada.readObject();

Aunque hacer un chequeo con instanceof no esta de mas.

Si alguien tiene alguna otra forma, favor ponerla aqui. :) Yo tambien he tenido mis dudas en cuanto a esa advertencia.