Oracle, al adquirir Sun, adquirió todo lo que le pertenecía, incluyendo a MySQL. Cuando adquiere eso, adquiere todo lo que es dominio de MySQL: eso incluye los derechos sobre todo lo que MySQL ya tenía. Ninguna de las versiones queda fuera del acuerdo.
Lo que no puede hacer es restringir los derechos sobre los que MySQL se basa.
Pero MySQL siempre tuvo versiones del servidor que era pagas, y las sigue teniendo. Además, la licencia de OS no implica que tengas derechos de incluir el servidor a MySQL dentro de otro paquete de software que comercialices, sólo te permite que tu software pueda usar un MySQL Server... que no es lo mismo.
Ahora, si tu intención es incluir el motor del servidor dentro de otro paquete, entonces necesitas permisos especiales, sea la 3.x, la 4.x o la que fuere. Esos son los permisos que se obtienen cuando acuerdas con MySQL para ser
Partner.
De todos modos, un servidor 3.x ó 4.x ya no es conveniente, por la cantidad de bugs que contienen.