Son 3 carpetas diferentes,
Código OTHER:
Ver originalmodels --> Application_Model_Usuario
models/mapper --> Application_Model_Mapper_Usuario
models/DbTable --> Application_Model_DbTable_Usuario
No es necesario utilizar include's porque el autoloader de cada modulo ya esta preparado para ir a buscar a cada una de las carpetas, lo único que debes hacer es, para cada modulo crear un Bootstrap que extienda de Zend_Application_Module_Bootstrap, este se encargara de inicializar los recursos(entre ellos el autoloader) del modulo, por ejemplo para un modulo admin seria algo asi:
Código PHP:
Ver original//application/modules/admin/Bootstrap.php
class Admin_Bootstrap extends Zend_Application_Module_Bootstrap
{}
Con esto ya puedes hacer
new Admin_Model_User
new Admin_Model_Mapper_User
new Admin_Model_DbTable_User
etc...
Saludos.