pues si quieres palabras completas no seria mas simple agregarle un espacio antes y después ?...
Código PHP:
$keysoriginal = array (" pera "," melon "); // con espacios :D
$keysdefinitivas = array (" manzana "," jamon ");
$nuevotexto = str_replace($keysoriginal, $keydefinitivas, $textoriginal);
saludos.