el trabajo con el link depende de ti, no tienes que enviar parausuario ni nada de eso, solo los parametros de la función.
si el usuario es pepe, el id de comentario es 12
entonces quedaría <a onlick="eliminar('pepe', '12')"...></a>
se entiende, ya el uso que les des en la pagina a la que los envias es diferente, aunque para borrar algo basta con el id, no mandes parametros innecesarios.
y lo de la ventana emergente haga todo si podría ser AJAX pero igual es una funcion javascript que llama un archivo externo que se recargara asincronicamente en tu web. o sea lo mismo pero implicando otra tecnología.