Bueno, te e
Xplico...
Si solo vas a tener en ese equipo ese disco duro solo para ubuntu server y NO muli-inicio con windows, entonces, si podrías clonar sin problemas cada partición que te genere el Ubuntu Server (te recomiendo utilizar la última versión).
Clona tu disco con Clonezilla clonar ubuntu con clonezilla clonar ubuntu con clonezilla (videos)
El Gparted, es completamente gráfico, así que no tendrías problemas para realizar las particiones.