Hola:
¿Porqué dices que tardan más...?, o se trata de una leyenda urbana
Un iframe debe tardar exactamente lo mismo que cualquier página, y como comentas complica algo la nevagación.
Son pocas las ocasiones que se pueden aconsejar... por ejemplo, hay códigos embebidos que lo usan, y puede ser útil en scripts AJAX... por ahora no se me ocurre nada más. Creo que lo más aconsejable es evitarlo.
Saludos