Hace tiempo que no miro nada de autómatas (aprovecharé para repasarlo un poco jejeje). Si lo que necesitas es una matriz que contenga una lista en cada posición puedes hacer algo así (si no recuerdo mal):
Código Java:
Ver originalfor (int i=0; i<matriz.length; i++)
for (int j=0; j<matriz[i].length; j++)
Con eso tendrías una matriz de 5x5 donde cada posición es un ArrayList vacío.