No he tenido problemas con 2.6 o 2.7, creo que son buenas versiones en las que basarse. Python 3 y 2.x seguirán paralelos por un buen tiempo, no hay de qué preocuparse por ahora. Sin duda que cuando Python 3 sea dominante lo soportarán en el AppEngine
En mi experiencia con Django, puedo decir que es muy simple crear una aplicación que se adapte al modelo "Model-View", pero no es tan simple crear una aplicación en la que la acción sucede en el
backend. Para expresarlo mejor: no es que lo haga complicado, sino que el tipo de aplicación a veces no se adapta a lo que el framework está diseñado para hacer.
A pesar de esto no he usado web2py o pyramid así que no puedo opinar. Lo único que tengo claro es que siempre podrás encontrar gente que te recomiende uno u otro, y decenas de comparativas "demostrando" por qué x es mejor que y.
Creo que la disyuntiva es relativamente simple: si vas a usar django, necesitás un proveedor que lo soporte como corresponde. Si vas a usar el AppEngine, no uses algo que AppEngine no soporte completamente.
Saludos.