Algoritmo de Busqueda

[rodno]

hola todos los foreros,

estoy realizando una aplicacion web que se conecta a 2 diferentes Bases de datos,
funciona como si fuera un importador, es decir, de la BD origen realiza una consulta y tiene que ir comparando si existe en la BD destino, si existe lo actualiza y si no lo inserta, se trabaja con mas de 2000 registros,
he probado hacerlo con el algoritmo de busqueda binario, pero se demora un poco y sobre pasa el tiempo de 30 sec que tiene el php como maximo de espera de ejuciocn de un script,

si alguien tiene alguna idea de como poder resolver, consejo, me seria de mucha utilidad

saludos
rodno