Ok, insisto, debes tener ya desde antes el valor asignado a esa variable, ya sea que la obtengas desde la base de datos o desde $_POST y, si no tienes ese control, va a ser muy dificil que puedas lograr algo... seria mas o menos:
Código PHP:
Ver original// Suponiendo que verificas solo si esta en $_POST
for($i = 0; $i < $totalChecks; $i++) {
$checked = (isset($_POST['generos'][$i])) ?
true : false; form_checkbox('generos[]', $genero->id, $checked);
}
Insisto, no he trabajado con CI, pero tu problema no es tanto por el framework, sino de logica.