Cita: existen funciones especialmente diseñadas para trabajar con archivos subidos mediante POST, los cuales son is_uploaded_file y move_uploaded_file...
Completamente de acuerdo. Además, con utilizar permisos 755 es suficiente.
Cita: para crear carpetas no es en absoluto conectarse por medio del FTP
Según la configuración del hosting que utilices, algunos no te dejarán crear una carpeta sin más, tendrás que hacerlo mediante ftp. Esto suele darse en hostings gratuítos. A mi me ha pasado cuando trabajaba con este tipo de hostings, en concreto 000webhost.
Un saludo.