no tienen NINGUN SENTIDO hacer una coneccion FTP si vas a subir los archivos por $_FILES, estas usando recursos innecesarios en tu código, si quieres subir un archivo tienes 2 alternativas, o lo haces por $_FILES o lo haces por FTP, pero no ambos
Si eliges $_FILES, olvídate de toda la coneccion FTP y podrás subir el archivo sin problemas
Si eliges FTP, necesitas usar ftp_put() para subir el archivo
http://www.php.net/manual/es/function.ftp-put.php
Puedes ver todas las funciones de control de archivo con FTP en el manual de PHP:
http://php.net/manual/es/book.ftp.php