A grandes rasgos:
Tienes que dar de alta tu dominio en:
https://www.google.com/a/cpanel/domain/new?hl=es
Tienes que seguir las instrucciones: verificar tu dominio y cambiar las DNS para los MX de tu dominio (hay ayuda para ello). Esto se puede hacer donde tengas registrado tu dominio a través del panel de control - gestión de DNS, lo tienen la mayoría de los registradores.
Una vez en funcionamiento, activas el servicio site
y haces una redirección de tu dominio a la dirección de tu site google apps o igual tb se puede hacer a través de un CNAME.