Hola mikolbe!
Intenta cambiar la posición de profundidad del menú utilizando la opción z-index para qué se ubique por encima del iframe.
Es decir, si por ejemplo el menú esta dentro de un div con id="menu" y el iframe tiene de id="soyIframe", entonces harías algo más o menos así:
Código:
#menu
{
z-index:99;
}
#soyIframe
{
z-index:50;
}