Solo es cuestión de que mientras vayas formando las opciones del <select> vayas verificando si el valor es igual al de la base de datos. Algo como
Código PHP:
Ver original//conexión y resultado en formato assoc
$row = ......; // fetch_assoc
echo '<select name="city">';
foreach($cities as $v){
$s = $v['id'] == $row['my_city'] ? 'checked="checked"' : '';
echo '<option value="' . $v['id'] . '" ' . $s . '>' . $v['city'] . '</option>';
}
echo '</select>';