No se ve nada raro, por probar.
1.- Prueba quitando todo el php a ver se quita el desplazamiento o está todo en su sitio.
Si se quita el problema está en esas filas.
2.- Quita los dos cierres "<li/>" que hay dentro del if y coloca solo uno al final de la última llave "?>"
Código:
...
}else {
?>
<a href="registro.php" title="Regístrese">Regístrese<br /><span>cree su cuenta</span></a>
<?php
}
?>
</li>
No debería ser eso, pero hay que descartar.
A ver que tal.