Imagemos lo siguiente:
Código HTML:
<html>
<script>
$(document).ready(function () {
$("#capa1").show();
});
</script>
<div id="capa1" style="display:none"></div>
</html> De esta manera, el crawler llega y ve el elemento como none, así que aunque lo rastree no lo va a tomar como de interés para mostrarlo en las búsquedas.
Está claro que si un usuario viene sin el javascript activado no va a ver la página funcionando correctamente, pero en mi opinión, ya no se puede ir navegando sin él. Se ha vuelto un elemento imprescindible en el desarrollo de las páginas web.