Pues parece raro.
Intenta hacer un jsp tonto dentro de tu proyecto que muestre el contenido de alguna de las propiedades de System.getProrties()
http://download.oracle.com/javase/1....getProperties() como por ejemplo java.class.version, java.library.path o cualquier otra que se te ocurra que te pueda dar una pista de qué java se está usando y dónde puede estar.
Se bueno.