Cita:
Iniciado por Huaskar 
Cuando me ocurrio este problema hice lo siguiente:
1 Remover la instancia
2 Desinstalar MySQL Server
3 Eliminar las siguientes carpetas
C:\Archivos de programa\MySQL\MySQL Server 5.1
C:\Documents and Settings\All Users\Datos de programa\MySQL
4 Utilizar CCleaner para limpiar archivos temporales y algunos problemas de los registros de Windows
5 Reiniciar la PC
6 Reinstalar MySQL Server, seleccionar un nuevo nombre de servicio para MySQL (ejemplo: MySQL5) al momento de configurarlo
Funciono muy bien, creo que el paso importante es eliminar la carpeta:
C:\Documents and Settings\All Users\Datos de programa\MySQL
Ya que muchos no lo han tenido en cuenta antes.
No tuve que ingresar al Editor de Registros (regedit) para eliminar manualmante los registros de Windows con relacion a MySQL.
Saludos, espero les sea de ayuda.
Hola!,
A mi me sucéde eso muy seguído (:P) y lo que hago es hacer lo mísmo que
Huaskar, sólo que antes de reinstalar MySql, uso el programa llamado
RegSeeker y con él búsco todo registro en la PC con el nombre de "mysql", entonces ya que termina la búsqueda, seleccióno todo lo que encontró y procédo a eliminarlo.
Reinicio la PC y ahora si a instalar MySQL désde cero, para que no falle con la contraseña.
NOTA: cuidado por que aveces busca registros que no tienen que ver con mysql, hay que omitirlos.
Saludos!