Sin ver el código no se bien cual es el problema, pero me imagino que se puede solucionar con una condición, supongo que los peces se mueven con código en un enterframe...
podrias poner en el enterframe una condición, donde si la posicion del paso (del enterframe) anterior, es mayor a la del paso actual implica que el pez esta nadando hacia la izquierda y vice versa, seria algo asi como:
//////esto declarado fuera de cualquier función y dos variable para cada pez
var pezAnterior:Number;
var pezActual:Number;
///////esto dentro de la función llamada por el enterFrame
if(pezAnterior>pezActual){
pez.scaleX=-1;
}else{
pez.scaleX=1;
}
pezAnterior=pezActual;
pezActual=pez.x;
////////////
para hacer mas general la función en vez de que diga pez, se peude usar e.target, donde e es el nombre del evento que se recibe en la función.
