No entiendo del todo el problema, pero creo que se soluciona con alguna de estas don funciones.
unloadMovie (clip) ///con esto "descargas" las ventanas que no estan en uso (aun la principal deveria ser otro swf)
o
clip.swapDepths(-99) // con esto puedes controlar si un clip esta enciam o abajo, asi puedes hacer que el clip nuevo este bajo los controles de la principal, si es que el menu es general
