Consulta con CONVERT()

[gnzsoloyo]

El problema es que salvo algunas funciones genéricas como DATE(), MONT(), SUM(), AVG(), etc., no existen funciones estandarizadas entre diferentes DBMS. Lo que estás pretendiendo usar pertenece a SQL Server, pero no a MySQL, Postgre u Oracle.
Cuando tengas que usar funciones te recomiendo enfáticamente leer el manual de referencia del DBMS que uses. En MySQL, CONVERT() se usa para manipular cadenas que tienen diferentes charset, no para convertir datos. Para eso existe CAST(), pero tampoco esa es la que buscas.
Además, la sintaxis en sí de la consulta está mal escrita porque estás usando esa función el el WHERE sin relacionarla con ninguna condición lógica.
Por otro lado, el único sentido que tendría convertir una fecha en una cadena de la forma "dd/mm/aaaa" sería si el valor del campo contra el cual se compara fuese un campo VARCHAR con ese contenido.

Código MySQL:

SELECT * 
FROM 
      apunte p INNER JOIN asignatura a ON p.asignatura_idasignatura = a.idasignatura 
WHERE 
      alumno_rut = '$rut' AND p.asignatura_idasignatura = '$idramo' AND 
      DATE_FORMAT(fecha, '%d-%m-%Y') = ?????