Lo puedes colocar en el directorio donde estás estas manejando los layouts, que debería ser un directorio llamado de esa forma. Para lo del placeholder trata este tema
http://framework.zend.com/manual/en/...rs.basics.html
Edito: Ahora eso me causa curiosidad, ¿Zend_Navigation, usa también placeholder automáticamente o es solo un ejemplo de algún nav que implemente placeholder?