yo creo que lo que hay que hacer es buscar todo los "<" y los ">", guardarlos en una cadena por ejemplo $tags[] y dejar en el texto original un identificador por ejemplo "~". luego de hacer las separaciones de lineas y silabas reemplazar todos esos tag por su <tag> correspondiente, por ejemplo:
esto es un <a href="">link</a> a <b>ningun</b> lado.
encontrar las etiquetas:
esto es un
<a href="">link
</a> a
<b>ningun
</b> lado.
guardarlas en el arreglo
$tags[0]=<a href="">
$tags[1]=</a>
$tags[2]=<b>
$tags[3]=</b>
dejar los identificadores:
esto es un ~link~ a ~ningun~ lado.
separar silabas por lineas
esto es un ~link~ a ~nin-<br>
gun~ lado.
reponer las etiqeutas:
esto es un <a href="">link</a> a <b>nin-<br>
gun</b> lado.
y estaría lista XD