Recien en D7 fueron agregadas las llaves foraneas. Por que no vas a las fuentes?
http://api.drupal.org/api/drupal/mod.../hook_schema/7
En D6 jamas he necesitado de FK. Cabe destacar ue nunca he creado un modulo como el que describes, uso los modulos que estan ya creados y facilitan las cosas: CCK, Views, nodereference, etc.