Debes de iterar sobre $e no sobre $valor
Código PHP:
foreach($empleado as $key=>$e)
foreach($e as $indice=>$n){
if ($n!='') {
$sql="INSERT INTO ".$prefix."insentivos (idinsentivos, usuario_idusuario, empleado_idempleado, valor, fecha, relsucursal) VALUES ('', '$idusuario', '$e', '$n', '$fecharegistro', '$sucursal')";
$cursor=execstmt($conn, $sql);
}}
}
mysql_close($conn);
Aunque en realidad no veo que en algun momento utilices el valor de los arreglos :S, mejor lee el link que te enviaron :p