Checate este codigo con esto yo mando a llamar una function de javascript con C#..
Código C:
Ver originalstring key = "popup";
string javascript = "Nombre_Function_JavaScript();";
if (!Page.ClientScript.IsStartupScriptRegistered(key))
{
Page.ClientScript.RegisterStartupScript(Page.GetType(), key, javascript, true);
}
Obvio puedes mandar a llamar parametros..
Saludos,